Araştırma programları, APYÖK ve APYK'lar tarafından hazırlanan 6 aylık faaliyetleri kapsayan "Gelişme Raporları" ile yılda bir defa düzenlenen "Araştırma Programı Kritik Değerlendirmesi" ile kapsamlı olarak izlenir.
Bu süreçlerde TÜBİTAK, araştırma programı faaliyetlerinin yürütüldüğü kuruluşlarda incelemelerde bulunmak üzere izleyicileri ve/veya TÜBİTAK uzmanlarını yerinde inceleme yapmakla görevlendirebilir.
Yılda bir kez düzenlenen kritik değerlendirme sonucunda aşağıdaki kararlar alınabilir:
- APYK eklenmesi ve/veya çıkarılması.
- Araştırma programı veya proje/lerin durdurulması, sonlandırılması, proje eklenmesi veya çıkarılması.
Araştırma programı kapsamında yapılacak harcamalar, kabul edilen bütçe doğrultusunda MADES tarafından incelenir. Bu inceleme doğrultusunda, gerekli görüldüğü takdirde MADES tarafından ek bilgi ve belgeler istenebilir.