Her bir alt proje, alanlarında uzman olan en az üç (3) dış danışman tarafından alt projenin amaç, yöntem, beklenen sonucu, bilimsel dili ve programın genel amaçları ile uyumluluk kriterlerine göre çevrim içi sistem üzerinden bilimsel olarak değerlendirilir ve dış danışman puanlarının aritmetik ortalaması alınır. Bilimsel değerlendirme sonucuna göre en az alt proje sayısını sağlayan kurum/kuruluşun alt proje puanlarının aritmetik ortalaması, Bilim Fuarının Değerlendirme Puanı olarak alınır. En az alt proje sayısını sağlamayan proje başvurusu reddedilir. Ret gerekçeleri başvuru sahiplerine http://bilimiz.tubitak.gov.tr adresi üzerinden veya e-posta yolu ile iletilir.
Aynı ilde yer alan iki kurum/kuruluşun Programa birlikte başvuru yapmalarına imkân sağlanarak bu şekilde yapılan başvurulara değerlendirme aşamasında +1 puan verilir. İki kurum/kuruluşun ortak proje başvurusu yapmaları durumunda proje yürütücüsünün görev aldığı kurum/kuruluş yürütücü kurum/kuruluş, diğer kurum/kuruluş katılımcı kurum/kuruluş olarak kabul edilir. Katılımcı kurum/kuruluşun görev, yetki ve sorumlulukları proje sözleşmesinde ayrıca belirtilir.
Destek verilecek Bilim Fuarları değerlendirme puanına göre belirlenir, Başkanlık onayı ile kesinleşir ve http://bilimiz.tubitak.gov.tr adresinde ilan edilir.