Projeler, konularında uzman hakemler tarafından firma ziyaretleri (yerinde ziyaret ederek ya da BİLTEG projelerinde firmanın tercihine göre video konferans aracılığıyla firma ile görüşme yaparak veya firmayı yerinde ziyaret ederek) ile değerlendirildikten sonra TÜBİTAK'a rapor edilir. Değerlendirme sonucunda proje hakemlerden çağrı duyurusunda ilan edilen puanın üzerinde bir ortalama puan elde etmişse Yürütme Kurulu tarafından değerlendirilir. Hakem raporları ve Yürütme Kurulu değerlendirmesi ile bir proje puanı ortaya çıkar. TÜBİTAK tarafından projelerin yeterlilik seviyesi ve bütçe imkanları dikkate alınarak belli bir proje puanının üzerindeki projeler desteklenir.
Değerlendirme aşamasında yukarıda belirtilen üç boyuta ilave olarak başvuru sahibinin TEYDEB’e ilk proje başvurusu için, varsa TEYDEB tarafından daha önce desteklenen projelerin anlamlı ticarileşme seviyeleri yakalanmış ise, TÜBİTAK tarafından açıklanan öncelikli teknoloji alanları ve yeşil mutabakat konularına uygun ise, firmanın uluslararası proje başvurusunun olması koşullarında çağrı duyurusunda belirtilen oranlarda ek puan verilir. Ayrıca proje ile ilgili hakem değerlendirmesi öncesi ya da Yürütme Kurulu değerlendirmesinde çağrı duyurusunda belirtilen kritik tespitlerin belirlenmesi durumunda proje desteklenmez.