Araştırma programları, APYÖK ve APYK'lar tarafından hazırlanan 6 aylık faaliyetleri kapsayan "Gelişme Raporları" ile yılda bir defa düzenlenen "Araştırma Programı Kritik Değerlendirmesi" ile kapsamlı olarak izlenir.
Bu süreçlerde TÜBİTAK, araştırma programı faaliyetlerinin yürütüldüğü kuruluşlarda incelemelerde bulunmak üzere izleyicileri ve/veya TÜBİTAK uzmanlarını yerinde inceleme yapmakla görevlendirebilir.
Yılda bir kez düzenlenen kritik değerlendirme sonucunda aşağıdaki kararlar alınabilir:
Araştırma programı kapsamında yapılacak harcamalar, kabul edilen bütçe doğrultusunda MADES tarafından incelenir. Bu inceleme doğrultusunda, gerekli görüldüğü takdirde MADES tarafından ek bilgi ve belgeler istenebilir.
TÜBİTAK Kaynaklarından Genel Bütçe Kapsamındaki Kamu İdareleri ile Özel Bütçeli İdarelere Proje Karşılığı Aktarılacak Tutarların Harcanması ve TÜBİTAK Tarafından Yürütülen Dış Destekli Projelerin Harcamalarının Gerçekleştirilmesine İlişkin Esas ve Usuller